Οφθαλμολογικές παθήσεις, (όπως ο κερατόκωνος, το ανεξέλεγκτο γλαύκωμα, η σοβαρή ξηροφθαλμία και οι σοβαρές παθήσεις του αμφιβληστροειδούς) είναι αντενδείξεις για διαθλαστική χειρουργική.
Άτομα με ιστορικό οφθαλμικού έρπητα δεν πρέπει να υποβάλλονται σε διαθλαστική χειρουργική με Excimer Laser, χωρίς να γίνει ιδιαίτερη προετοιμασία του ματιού. Eπίσης πολύ λεπτός κερατοειδής ή κερατοειδής με ακατάλληλη καμπυλότητα μπορεί να αποτελέσει αντένδειξη.
Ο σακχαρώδης διαβήτης και οι παθήσεις του ανοσολογικού συστήματος (ρευματοειδής αρθρίτιδα, συστ. ερυθ. Λύκος κ.α.) αποτελούν επίσης σχετικές αντενδείξεις για το Laser.